就職活動中に魔法少女としての才能を見出され、
ベンチャー企業・株式会社マジルミエに
新卒入社した桜木カナ。

新人魔法少女となったカナは、
越谷仁美をはじめとした、
ひと癖もふた癖もある先輩社員たちと共に
自然災害“怪異”の退治に励むことに。
業務を通じてマジルミエ社が掲げる企業理念や
人の命、仕事への責任を実感したカナは、
社会人として、魔法少女として
大きく成長を果たす。

カナが入社してから半年後……。
マジルミエ社は、
現場の状況や“怪異”に応じて
必要な魔法を魔法少女自身が発注する
独自のシステム『アリスシステム』を
業界全体へ浸透させるため、
新種の“怪異”退治に乗り出す。

だが、その裏には魔力の規制緩和や
魔法少女を通じて金儲けを目論む勢力の
思惑が渦巻いていて……。